在一个安静的夜晚，一辆飞奔而来的汽车，撞碎了音乐传授约翰（威廉·麦鲍瑟 William Mapother 饰）的侥幸生存，他的妻女以及夸姣的人生都被尚未成年的少女罗娜（布里特·马灵 Brit Marling 饰）夺往。这起事变，也让罗娜的心灵遭受重大冲击。罪反感让她过着最底层的生存，却始终逃脱不掉灵魂的训斥。有机遇会，她重逢约翰，并以洁净人员的名义走…

第二集中，尼奥（基努·里维斯 Keanu Reeves 饰）没有能从内部摧毁“母体”，他的身段在真实世界的飞船上陷于晕厥，思惟却被困在介于“母体”和真实世界的中央地带，这个地方由“火车人”掌握。墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩 Laurence Fishburne 饰）和崔妮蒂（凯瑞-安·莫斯 Carrie-Anne Moss 饰）等人知道了尼奥的情况，在守护天使的带领下， 找…