2044年的纽约，大反派朗格串连外星恶势力试图扑灭地球，大批外星人通过神秘传送门进侵，将城市化为灰烬。忍者神龟们虽负嵎顽抗仍不敌仇敌攻势，死伤惨重。怀抱着忍者最强武器——停整理，忍者神龟们决定回到曩昔时空，找到开启传送门的钥匙，阻拦朗格，恢复世界和平。李奥纳多的学生凯西肩负起这一任务，他在曩昔时空与女记者艾普利尔·奥尼尔成…